Para chegar a Puerto Aysén, você pode pegar um voo até Balmaceda, que é o aeroporto mais próximo, e de lá pegar um ônibus ou táxi até Puerto Aysén.
Também é possível chegar por estrada, desde Coyhaique pela Carretera Austral, que liga a cidade a outros destinos turísticos da Patagônia chilena.
A distância de Balmaceda a Puerto Aysén é de aproximadamente 67 quilômetros, e de Coyhaique é de cerca de 60 quilômetros.
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