Caldera fue fundada en el siglo XVI por los conquistadores españoles, quienes la utilizaron como puerto para el transporte de plata y oro extraídos de las minas de la región.
Durante la Guerra del Pacífico en el siglo XIX, Caldera se convirtió en un importante centro de suministros para las fuerzas chilenas que luchaban contra Perú y Bolivia.
En la década de 1900, la ciudad se consolidó como un importante centro pesquero y de transporte marítimo.
En 1945, la ciudad fue devastada por un terremoto de magnitud 8.3, que causó la muerte de cientos de personas y la destrucción de gran parte de la ciudad.
A partir de los años 50, Caldera comenzó a recuperarse y hoy en día es un importante destino turístico debido a sus playas, su patrimonio arquitectónico y sus atractivos naturales.