Para llegar a Puerto Aysén, se puede tomar un vuelo a Balmaceda, que es el aeropuerto más cercano, y desde allí tomar un bus o un taxi hasta Puerto Aysén.
También es posible llegar por carretera, desde Coyhaique a través de la Carretera Austral, que conecta la ciudad con otros destinos turísticos en la Patagonia chilena.
La distancia desde Balmaceda a Puerto Aysén es de aproximadamente 67 kilómetros, y desde Coyhaique es de alrededor de 60 kilómetros.
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