La historia de Quellón y la Isla de Chiloé se remonta a la época prehispánica, cuando los pueblos indígenas habitaban la zona.
Durante la época colonial, la ciudad de Quellón fue fundada como una misión jesuita y posteriormente se convirtió en un importante puerto pesquero.
Durante el siglo XX, Quellón se desarrolló como un centro de la industria pesquera y maderera, y se convirtió en un importante puerto de la región.
Actualmente, la ciudad sigue siendo un centro de actividad económica en la isla y cuenta con una interesante mezcla de cultura y tradiciones indígenas y coloniales.